科学忍者队是以生命体持有的菁神性特异能力的实体化物体"NOTE"作为力量源泉，身穿特殊强化战斗服的一支团队。其主要人员是评议会派遣的宇宙人以及具备潜在能力的地球人，任务是保护地球不地球不受异星人犯罪者的危害。然而，近几年出现了就连评议会也无法把握正体的谜之存在"MESS"，科学忍者队的主要任务便是与"MESS"展开对抗。